Installation
Quickstart
CLI
Python API
Case Studies
API Documentation
Contributing
Credits
History
pysradb
GitHub
Index
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
I
|
L
|
M
|
O
|
P
|
Q
|
R
|
S
|
T
|
U
|
V
|
X
A
all_row_counts() (pysradb.basedb.BASEdb method)
ArgParser (class in pysradb.cli)
B
BASEdb (class in pysradb.basedb)
C
close() (pysradb.basedb.BASEdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
confirm() (in module pysradb.utils)
copyfileobj() (in module pysradb.utils)
create_esummary_params() (pysradb.sraweb.SRAweb method)
CustomFormatterArgP (class in pysradb.cli)
D
desc_table() (pysradb.basedb.BASEdb method)
download() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
download_file() (in module pysradb.download)
download_geodb_file() (in module pysradb.geodb)
download_sradb_file() (in module pysradb.sradb)
E
EnaSearch (class in pysradb.search)
error() (pysradb.cli.ArgParser method)
expand_sample_attribute_columns() (in module pysradb.filter_attrs)
F
fetch_ena_fastq() (pysradb.sraweb.SRAweb method)
fetch_gds_results() (pysradb.sraweb.SRAweb method)
format_xml() (pysradb.sraweb.SRAweb static method)
G
geo_convert() (pysradb.geodb.GEOdb method)
GEOdb (class in pysradb.geodb)
GeoSearch (class in pysradb.search)
get_df() (pysradb.search.QuerySearch method)
get_efetch_response() (pysradb.sraweb.SRAweb method)
get_esummary_response() (pysradb.sraweb.SRAweb method)
get_file_size() (in module pysradb.download)
get_geo_search_info() (in module pysradb.cli)
get_gzip_uncompressed_size() (in module pysradb.utils)
get_plot_objects() (pysradb.search.QuerySearch method)
get_retmax() (in module pysradb.sraweb)
get_row_count() (pysradb.basedb.BASEdb method)
get_uids() (pysradb.search.SraSearch method)
gse_metadata() (pysradb.geodb.GEOdb method)
gse_to_gsm() (in module pysradb.cli)
(pysradb.geodb.GEOdb method)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
gse_to_srp() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
gsm_metadata() (pysradb.geodb.GEOdb method)
gsm_to_gse() (in module pysradb.cli)
(pysradb.geodb.GEOdb method)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
gsm_to_srp() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
gsm_to_srr() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
gsm_to_srs() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
gsm_to_srx() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
guess_cell_type() (in module pysradb.filter_attrs)
guess_srp_from_gse() (pysradb.geodb.GEOdb method)
guess_strain_type() (in module pysradb.filter_attrs)
guess_tissue_type() (in module pysradb.filter_attrs)
I
IncorrectFieldException
info() (pysradb.search.GeoSearch class method)
L
list_fields() (pysradb.basedb.BASEdb method)
list_tables() (pysradb.basedb.BASEdb method)
M
md5_validate_file() (in module pysradb.download)
metadata() (in module pysradb.cli)
millify() (in module pysradb.download)
MissingQueryException
mkdir_p() (in module pysradb.utils)
module
pysradb
pysradb.basedb
pysradb.cli
pysradb.download
pysradb.exceptions
pysradb.filter_attrs
pysradb.geodb
pysradb.search
pysradb.sradb
pysradb.sraweb
pysradb.taxid2name
pysradb.utils
O
open() (pysradb.basedb.BASEdb method)
order_dataframe() (in module pysradb.utils)
P
parse_args() (in module pysradb.cli)
path_leaf() (in module pysradb.utils)
pysradb
module
pysradb.basedb
module
pysradb.cli
module
pysradb.download
module
pysradb.exceptions
module
pysradb.filter_attrs
module
pysradb.geodb
module
pysradb.search
module
pysradb.sradb
module
pysradb.sraweb
module
pysradb.taxid2name
module
pysradb.utils
module
Q
query() (pysradb.basedb.BASEdb method)
QuerySearch (class in pysradb.search)
R
requests_3_retries() (in module pysradb.utils)
run_command() (in module pysradb.utils)
S
scientific_name_to_taxid() (in module pysradb.utils)
search() (in module pysradb.cli)
(pysradb.search.EnaSearch method)
(pysradb.search.GeoSearch method)
(pysradb.search.QuerySearch method)
(pysradb.search.SraSearch method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
search_by_expt_id() (pysradb.sradb.SRAdb method)
search_sra() (pysradb.sradb.SRAdb method)
show_result_statistics() (pysradb.search.QuerySearch method)
sra_metadata() (pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
SRAdb (class in pysradb.sradb)
SraSearch (class in pysradb.search)
SRAweb (class in pysradb.sraweb)
srp_to_gse() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srp_to_srr() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srp_to_srs() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srp_to_srx() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srr_to_gsm() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srr_to_srp() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srr_to_srs() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srr_to_srx() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srs_to_gsm() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srs_to_srx() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srx_to_gsm() (pysradb.sraweb.SRAweb method)
srx_to_srp() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srx_to_srr() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
srx_to_srs() (in module pysradb.cli)
(pysradb.sradb.SRAdb method)
(pysradb.sraweb.SRAweb method)
T
TqdmUpTo (class in pysradb.utils)
U
unique() (in module pysradb.utils)
update_to() (pysradb.utils.TqdmUpTo method)
V
visualise_results() (pysradb.search.QuerySearch method)
X
xml_to_json() (pysradb.sraweb.SRAweb static method)
xmlescape() (in module pysradb.sraweb)